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In der Ausstellung waren Exponate zu den Themen: Mineralogie, Botanik und Zoologie der Region zu sehen. Grundstock der Ausstellung ist die Sammlung des naturwissenschaftlichen Vereins der Stadt. Seit 1947 befindet sich das Museum im ehemaligen Logenhaus der Freiberger Freimaurer in der Waisenhausstraße. Eine Besonderheit des Hauses ist der sich im 2. Obergeschoß befindende Saal aus dem 19. Jahrhundert.

Leider wurde das Naturkundemuseum geschlossen.

Die Exponate wurden ausgelagert und das Gebäude befindet sich nun in Privatbesitz